馬祖藍眼淚其實是夜光藻受到海浪拍打，受到刺激而形成的藍光。這個現象在中國大陸渤海、長江口、福建沿海、珠江口海域、日本與澳洲等地，都曾出現，不過在馬祖出現的比較頻繁，馬祖的居民將此現象命名「藍眼淚」，也因此聲名大噪。