在發出純網銀執照後，金管會又突然要求須適用「金金分離」原則，引發銀行股東反彈。
「金金分離」是金管會近年來一直在推動的政策，又被稱為「寶佳條款」。金管會認為，同一大股東在多家銀行擁有一定股權，或握有董事席次，將會產生競業禁止與營業祕密外洩等問題，所以往往會檢視金融機構經理人及董事適格性。
這原本沒有太大問題，但是事實上，在 3 家純網銀競爭執照時都已向金管會提出「預定重要負責人」適格性的報告，在已被審核通過的預定董監事名單中，就有不少銀行經理人兼任董監事，當時金管會沒有提出異議。但在相關事務已籌備協商近一年之後，如今金管會又突然要求嚴格的金金分離，引發各家不滿。
有趣的是，像金管會要求金融業對純網銀持股超過 25%，這本身就有違金金分離的原則，其實相當矛盾。據《蘋果日報》報導，將來銀行第二大股東兆豐銀行正醞釀撤資。消息指出，兆豐高層認為，如果出錢卻不能派能負責的人去當董監事，這種投資將會與原先的評估有所差距。並批評，金金分離的原則有問題，實體銀行本身就是金控子公司，難道也適用金金分離嗎？
除此之外，也有消息顯示，還有其他金融業股東正觀望兆豐的風向，若兆豐撤資成功將會跟進。輿論及國會議員對此批評聲浪也越來越大，令金管會主委顧立雄鬆口，讓純網銀排除在金金分離之外，同意派金控經理人或資安、法務經理人兼任，只要沒有利益衝突，可以個案認定。
不過輿論卻仍然沒有止息，許多小股東可能想藉此離開，尤其一次開放 3 家純網銀，將令市場更競爭，恐無利可圖。而若真的現有金融業股東撤出，那麼又將難以符合金融業持有 25% 以上股權的要求，還要在找新股東加入將會難上加難，可見預定開業時間將會延期，甚至是未成軍就分崩離析。
目前 3 家純網銀，大多原訂 9 月就要成立董事會、選出董事長，並正式開業。但為此可能要延至 10 月初才有辦法確定董監事名單。若金管會沒有辦法即時與業者協商及討論更明確的金金分離的原則及應用，將造成更大的問題。 | 
