台九線南迴公路長期因海岸侵蝕、颱風長浪侵襲及強降雨等影響，導致路基沖刷流失，鄰近多良、大武等濱海道路與太平洋僅剩數公尺距離。交通部運輸研究所協助公路總局提高浪襲預警的精準度，並建議多良段用離岸潛堤、南興段養灘等方式，以減緩海岸侵蝕、降低災害。
每當颱風襲擊東台灣，台東地區常會湧起長浪沖上台九線，被當地居民形容巨浪「好像要把公路吃掉」。運研所港研中心代主任蔡立宏說，浪襲伴隨著沙石等被打上陸地，行車十分危險，颱風季節封閉路段只是治標，長遠要治本，因為浪襲嚴重一點就會沖刷掉路基，造成公路塌陷。
運研所與成功大學合作蒐集二○○五年至二○一七年資料，顯示多良段是海岸侵蝕的路段，南興段有公路浪襲的問題，灘線已後退十至十五公尺。以多良段為例，粗估灘岸寬度剩約五十公尺，公路總局目前在邊坡堤石處加放消波塊，以減緩浪襲，儘管該段公路基礎現在雖不致於有危險，仍需長期關注。
運研所建議，多良段在離開海岸線的地方，五米水深處放置消波塊，建造離岸潛堤，好讓波浪入射進來會碎掉，釋放能量，且潛堤對生態環境影響較小，加上潛沒在水裡，景觀不會被遮蔽。
至於南興段，運研所建議以迂迴供沙養灘，讓沙灘附地變大，減緩本來要直接衝擊到陸地的海浪。蔡立宏說，南迴公路持續有拓寬工程，公路離海岸更近了，且地球暖化海平面上升、極端氣候發生頻率高，未來這些海氣象可能更加嚴峻。
