受新冠肺炎疫情持續升溫影響，日本政府繼7日發布「緊急事態宣言」，宣布東京、神奈川等7個都府縣進入戒備狀態後，16日進一步將適用範圍擴大至日本全國。除各地店家受到影響，生意慘淡外，至今受網購等新興消費型態衝擊，營業額逐年下滑的日本百貨業者，也因這波疫情出現倒閉或研議合併的消息。
宣布適用「緊急事態」的區域，地方政府雖可限制居民外出、停止學校、商店、體育館、旅館等設施的使用、限制舉辦活動。但因《新冠病毒特別措施法》對此並未規定罰則，因此即便有人違反禁令，也不會受到處罰。此外，進入「緊急事態」的都道府縣，也可徵用土地建物開設臨時醫療設施，或者強制徵收藥品與口罩等醫療器材，這部分《特別措施法》則設有罰則，可不經所有權人同意逕行徵收使用。
2020年4月，日本新冠肺炎疫清遲遲無法緩解，經濟活動大受影響（AP）
中央及地方政策不一造成業者混亂在日本政府於7日發布緊急事態宣言前夕，東京都政府原在6日晚間宣布配合政府政策，要求百貨公司等店家臨時歇業，幾家百貨公司也於隔日依東京都政府政策宣布暫時關閉。不料此舉卻引來日本當局不滿，7日晚間就約談東京都4大百貨業者的負責人加以譴責。而後在東京都知事小池百合子與經濟財政擔當大臣西村康稔協調後，東京都政府於10日宣布將順從中央政府指示，將百貨業排除在這波停業名單外。部分業者心寒地表示，比起人命，政府更在乎經濟問題。
儘管東京都政府已將百貨業者排除在名單之外，三越伊勢丹控股、松屋等百貨業者及飲食業者，還是於8日宣布全面暫停營業。其中三越伊勢丹控股旗下總計有33家店面暫時歇業，包括三越日本橋總店、伊勢丹新宿總店等6家位於首都圈的分店，及27家小型店面。值得注意的是，日本當局本來希望百貨業者能保留販賣食品的地下街商區，但三越伊勢丹控股不但暫時關閉地下街商區，就連網路商店都暫時歇業；松屋則僅有銀座總店及淺草店宣布臨時歇業。
大丸松坂屋百貨業者方面，雖已暫時關閉大丸心齋橋店、梅田店、東京店等7個分店，但位於郊外的大丸須磨店（兵庫縣神戶市）、松坂屋高槻店（大阪府高槻市）仍有開放食品販賣區，僅營業時間縮短至上午10時至晚間6時。本來就未關閉食品販賣區的高島屋及西武百貨，則是因疫情影響，相繼決議縮短營業時間。
2020年4月，日本新冠肺炎疫清遲遲無法緩解，經濟活動大受影響（AP）
旅遊管制加上疫情 業者業績慘跌日本小學館旗下的《News post seven》指出，受中國當局於1月底開始管制國民跟團旅遊，及日本政府於3月9日加強限制中國及南韓籍旅客入境影響，近期訪日客遽減。各百貨3月的免稅營業額與去年同期相比皆慘跌，其中大丸松坂屋減少97%、高島屋減少92%，三越伊勢丹也減少90%，日本五大百貨業者全都創過去新低，其中又以訪日客最愛的化妝品業績最差。
連位於都市圈的百貨業者都業績慘跌，位於都市圈外的地方百貨業者更是叫苦連天，不少百貨業者都在這波疫情中宣布倒閉。像是位於山形縣的知名老店「大沼」，就於今年1月宣布破產，結束創業320年的歷史，山形縣瞬間成為日本全國唯一沒有百貨公司的地區。除山形縣的百年老店外，福岡縣、廣島縣、新潟縣、愛知縣也於1月至3月，相繼傳出百貨業者不堪生意低迷，宣布關店的消息。其中有部分地區的百貨公司原本就受消費稅及人口不多而擾，這次疫情可說是屋漏偏逢連夜雨，導致不少業者預計在8月甚至是明年初歇業。
部分百貨業者考慮合併事宜《News post seven》指出，日本百貨業的市場規模，於泡沫經濟時代的1990年代初期達到約10兆日圓（約合新台幣2.7兆）的巔峰，現在因智慧型手機普及，許多民眾開始使用亞馬遜（Amazon）、樂天等網購管道購物，對實體的百貨業造成衝擊，尤其這次新冠肺炎疫情爆發，民眾多半選擇待在家中，使用電腦等網購民生用品。就算疫情結束，百貨業者仍可能受民眾已習慣網購的消費形式影響，難以重回過去的業績。
為改善因新型消費型態崛起而業績不振的窘境，日本百貨業者紛紛開始開拓新的領域，像是高島屋等百貨巨頭將日本橋店改裝成商業設施等等，位於都市圈外的地方百貨業者也轉往不動產買賣及租借方向發展。
除永久歇業止損及轉型開闢新路外，不少百貨業者也研議走合併重編路線，《News post seven》稱，其中最有可能在近期落實整合的，為松屋和東武百貨店。該社指出，東武百貨店的總公司「東武鐵道集團」為松屋的最大股東，加上旗下部分子公司的股權，總計握有松屋約9%的股份，在政策決議上有一定份量。
此外，高島屋與H2O控股過去曾一度協商合併，但後來為了阻止三越伊勢丹控股進軍大阪，雙方決議在2010年放棄合併一事，而後高島屋獨立經營至今。一名專攻外資證券公司的百貨顧問預測，高島屋除有可能與H2O合併外，也有可能投向競爭對手三越伊勢丹的懷抱，究竟這波疫情平息後，日本百貨業版圖是否會出現歷史性變動，備受矚目。
