Audi e-tron 的充電系統運用多項先進創新科技，以e-tron 55 quattro 為例，裝設於座艙下方的高容量鋰電池組總重量約 700 kg，由36個電池芯模組所構成 (e-tron 50 quattro 為23個)，每一個模組再由12個帶狀小電池所組成，體積為長2.28 m x 寬1.63 m x 高0.34 m，透由超過35組堅固的螺栓鎖附於車體底部，其安裝位置與車身配重均經過縝密考量。整套電池芯模組固定於封裝座上的擠型式隔層結構中，不僅能夠有效吸收撞擊負載，同時確保意外發生時不會因電池爆炸導致立即性危險。最上層鋁合金封裝蓋具備極佳的密封效果，至於熱能管理系統則是整合在最下方車身底板防護層，提供電池芯模組堅實的安全防護，讓高效率的充電系統得以完美運作。
Audi e-tron 的充電座提供兩種模式，上方為AC交流充電孔、下方為DC直流高功率充電孔，當使用AC交流充電時，系統會透過兩組車載充電器進行充電後再將電能透由電池連接盒傳遞至電池芯模組，若以「Audi極速充電站」的DC直流高功率充電槍進行充電，則系統便直接將電能透過電池連接盒傳遞至電池芯模組進行蓄電。在充電曲線方面，Audi e-tron 高效率的充電系統發揮強大優勢，透由輸出功率為150 kW的HPC (High Power Charging) 高原式充電曲線，其連續性和穩定度均領先其他品牌電動車款。
